Das Aufstellungsverfahren für den Flächennutzungsplan wurde mit Beschluss der Stadtvertretung eingeleitet. Nach einer Beteiligung der Träger öffentlicher Belange sowie der Bürger, wurde der Plan am 11.01.2009 wirksam.
Nach ortsüblicher Bekanntmachung der Genehmigung ist der Flächennutzungsplan in der Fassung seiner 1. Änderung mit Ablauf des 25.11.2012 wirksam geworden. Gegenstand der 1. Änderung waren die Darstellung von Sonderbauflächen für ein Ferienhausgebiet und zwei Campingplatzgebiete, die Ausweisung eines besonderen Wohngebietes und verschiedener Grünflächen. Sämtliche Änderungen fanden nordwestlich des Stadtzentrums auf einer bisherigen Grünfläche statt.
Die zweite Änderung des Flächennutzungsplans wurde am 23.08.2015 wirksam. Sie beinhaltete die Änderung einer Sonderbaufläche Beherbergung/ Tourismus in eine Sonderbaufläche Hafen und eine Sonderbaufläche, welche der Erholung dient mit der Zweckbestimmung Campingplatz/ Caravanstellplatz sowie eine Fläche zum Schutz, zur Pflege und zur Entwicklung von Boden, Natur und Landschaft. Die südlich angrenzende Grünfläche (Zweckbestimmung Kleingärten) wurde als Wohnbaufläche dargestellt. Zusätzlich wurde ein Bodendenkmal mitaufgenommen. Sämtliche Änderungen fanden nordöstlich des Stadtzentrums statt.
Am 22.05.2016 erlangte die dritte Änderung des Flächennutzungsplans ihre Rechtswirksamkeit. Ihr zugrunde lag der Abriss der Ziegelei südlich der Stadt. Der Geltungsbereich der Gesamtanlage, die dem Denkmalschutz unterlag, wurde etwas verschoben und nun als Gesamtanlage Bodendenkmal „Alte Ziegelei“ geführt. Die umgebenden Flächen, welche bisher als Flächen für die Landwirtschaft geführt wurden, sind im Zuge der Änderung als Gewerbegebiete (teils eingeschränktes Gewerbegebiet) und Sonderbaufläche Photovoltaik dargestellt worden. Außerdem wurden drei gesetzlich geschützte Biotope, eine Fläche für Maßnahmen zum Schutz, zur Pflege und zur Entwicklung von Boden, Natur und Landschaft und eine Mobilfunkanlage eingetragen.
2018 wurde der Aufstellungsbeschluss für die vierte Änderung des Flächennutzungsplans gefasst. Nach dem Planbeschluss im Mai 2019 und der Genehmigung im September 2019 erfolgte die Wirksamkeit am 17.11.2019. Der neue Plan stellt das gesamte Stadtgebiet mit den umliegenden Dörfern dar. Es wurden verschiedene Änderungen wie beispielsweise ein großes neues Mischgebiet im Südosten des Stadtkerns eingearbeitet.
Der Beschluss der Gemeindevertretung über den Antrag auf die vorliegende 5. Änderung des Flächennutzungsplanes wurde am 22.04.2021 in der Stadtvertretung Neukalen gefasst.